Moléculas en Modelos 3D y Realidad Aumentada

Impartido en el marco del 45 aniversario del Departamento de Química de la UAM-Iztapalapa.

Grabación del taller (20/Octubre/2022)

Modelo de fragmento de un MOF con moléculas de benceno

Aquí encontrarás los recursos utilizados durante el taller.

  • Luteina, para arrancar motores.
    • La luteína es el carotenoide más abundante en el Cempasúchil, compuestos responsables del color de esta flor.
  • Diapositivas

  • Enlaces para instalar visualizadores:
    • Avogadro 1.2.0
      • Windows Link
      • MacOS Link
      • Linux: Usa el gestor de paquetes de tu distribución. Ejemplos:
        • Ubuntu/Debian: sudo apt-get install avogadro
        • Fedora/RHEL: sudo dnf install avogadro
    • ChimeraX
  • Algunas bases de datos de química:
  • model-viewer

  • Algunos archivos de ejemplo:
    • Cafeína (wrl)(glb)
    • Cafeína vertical (wrl)(glb)
    • Fulereno (wrl)
    • Ferrioxalato de potasio (wrl)(glb)
    • Fenolftlaleína (wrl)
    • Ftalocianina (wrl)
    • Bromuro de hexilmagnesio (Reactivo de Grignard) (wrl)(glb)
    • Almandita (cif)(glb)
    • MOF HKUST-1 (cif)(glb)
    • Nanotubo de Óxido de Vanadio (cif)(glb)
    • Crambina (pdb)(glb)
    • Hemoglobina (glb)
  • Recursos adicionales:
    • Manual de Avogadro
    • Manual de ChimeraX
    • JMol (descarga)(ejemplos)
      • JMol puede interpretar archivos de salida de muchos códigos de estructura electrónica y dinámica molecular. También tiene una versión web para integrarlo en páginas web.
    • VMD (descarga)(ejemplos)
      • Uno de los más potentes visualizadores, está enfocado en proteínas y sistemas de interés biológico pero funciona para todo tipo de sistemas químicos. También es muy útil para visualizar dinámicas moleculares.
    • GitHub
      • Principalmente utilizado para control de versiones, también brinda una página web estática gratuita para sus usuarios.
    • freeCodeCamp
      • Cursos gratuitos de programación, enfocado en desarrollo web. Ofrece certificados gratuitos.
    • Blender (descarga)(tutorial)
      • Programa para la creación de gráficos 3D. Puede requerir de una computadora con muchos recursos (RAM, CPU. Con GPU preferentemente.). El tutorial muestra como crear una molécula.
    • Beautiful Atoms(ejemplos)
      • Paquete de Python para producir imágenes de alta calidad de estructuras químicas. Hace uso de Blender.

¡Sigue modelando!